Le norme relative alla gestione della fauna all'interno della Riserva e quelle sulla gestione agricola, selvicolturale (forestale) e pascoliva, oltre ai divieti che possono interessare la fauna nell'area, sono attualmente contenute nel Regolamento della Riserva (Decreto del Presidente della Regione n. 376 del 27 ottobre 2005). Tali norme sono strutturate in conformità all'Articolo 18 della Legge Regionale 42/96.

Secondo l'Art. 6 (Gestione faunistica) del Regolamento, qualsiasi intervento riguardante la fauna selvatica deve essere eseguito in base al piano pluriennale di conservazione, miglioramento e sviluppo del patrimonio faunistico (ovvero il Piano Faunistico) come indicato all'Art. 36, comma 2, della Legge Regionale 42/96, e deve essere proposto dall'ente gestore. Il Piano, una volta elaborato, deve essere sottoposto alla valutazione del Comitato Tecnico-Scientifico per i Parchi e le Riserve, come previsto dall'Art. 8 della L.R. 42/96.

Anche la gestione della fauna acquatica e delle attività di pesca sportiva sono regolamentate annualmente dall'Ente Tutela Pesca del Friuli-Venezia Giulia, in accordo con lo stesso Piano e in intesa con l'Ente Gestore.

L'ente gestore accerta, attraverso il piano pluriennale di gestione faunistica, eventuali possibili squilibri ecologici legati alla fauna selvatica e adotta le misure appropriate per riequilibrare la situazione.