Pravila o upravljanju živalstva v Deželnem rezervatu Doline Glinščice in tista, ki se nanašajo na kmetijsko, gozdno in pašniško upravljanje, pa tudi prepovedi, ki lahko vplivajo na živalstvo tega območja, so zapisane v Pravilniku rezervata (Uredba predsednika dežele št. 376 z dne 27. 10. 2005). Ta pravila so oblikovana v skladu z 18. členom Deželnega zakona 42/96. Na podlagi 6. člena pravilnika (o upravljanju divjih živali) je treba vsak poseg, ki vpliva na divje živali, izvajati v skladu z Večletnim načrtom za ohranjanje, izboljšanje in razvoj živalske dediščine (tj. Načrt za upravljanje živalstva), ki ga predlaga upravljavec, kot je navedeno v drugem odstavku 36. člena Deželnega zakona 42/96; ko je načrt pripravljen, ga mora oceniti Tehnično-znanstveni odbor za parke in rezervate, kot zahteva 8. čl. DZ 42/96.

Deželni zavod za ribištvo vsako leto ureja tudi upravljanje izpuščenih organizmov in športnega ribolova, in sicer v skladu z načrtom in po dogovoru z upravljavcem. Na podlagi Večletnega načrta za upravljanje živalstva upravljavec ugotovi morebitna ekološka neravnovesja, povezana z divjimi živalmi, in sprejme ustrezne ukrepe, da se ponovno vzpostavi ravnovesje.